教育部統計數據顯示，藥學專業2012年全國普通高校畢業生規模為1.6萬至1.8萬人，就業率區間為85%至90%。總體來看，就業率處于較高水平。
就業專業性強 收入差距大
目前，藥學專業的就業方向大致分為如下幾種：科研人員——在大學、研究所、藥廠的研究部門，從事藥物的研發工作;醫院藥劑師——在醫院藥劑科、藥房、藥廠等從事制劑、質檢、臨床藥學等工作;藥檢人員——在藥檢所從事藥物的質量鑒定和制定相應的質量標準;公司職員、醫藥銷售人員——在醫藥貿易公司或制藥企業從事藥品生產、流通及銷售等工作。
從北京各醫藥類院校學生的就業意愿看，主要是北京三甲醫院的藥房和醫院的臨床藥師。但實際就業情況卻并非如此，學生真正進入醫療衛生單位的只有5%左右，除了30%左右考研深造以外，很大一部分被各醫藥公司、制藥廠吸收。
從業多年的資深技術人員李女士說，從事藥品開發、研究類職業，對專業能力的要求非常高，相應地對學歷等各個方面的要求也比較高。從事生產質量保證等工作，對學歷的要求沒有那么高，但對相關專業知識的要求依然是很嚴格的。比較之下，從事銷售工作對專業要求要低一些，而更側重銷售能力和社交能力。
這些年來藥學專業畢業生中一直流傳著“一流的人才去賣藥”的說法。面對這種情況，中國藥學會委員劉云表示，從整體來看，普通藥學專業畢業生收入和藥品銷售工作收入確實有一定差距。很多人做藥品銷售能夠很快賺到錢，但從職業的發展來看，同學們還需要有一個長期的職業規劃。藥學和醫學一樣是一個經驗型、技術型行業，選擇好自己的專業方向，踏實而堅定地走下去，未來必然有非常廣闊的領域和發展空間。
高端人才很搶手 終端人才有缺口
一些名牌大學的藥學專業就業情況是很不錯的。如，中國藥科大學、北京大學醫學部藥學院、沈陽藥科大學、四川大學華西藥學院等院校的畢業生就業率接近100%，總體供需比率能夠達到1∶3至1∶4。劉云表示，中國的制藥業若要擺脫依賴仿制藥、進口藥的局面，需要更多的專業人才加入到新藥開發的隊伍中來。其中，很多專業高質量人才還是非常稀缺的，有些院校的藥物制劑、天然藥物化學等專業學生供需比甚至達到1∶10，非常搶手。
藥學的主要專業方向有藥物化學、藥物分析、藥劑學、藥理學等。在這些專業方向中，藥物化學(主要是藥物合成)的就業形勢是最好的，人才缺口最大，工資也非常高。但是藥物合成接觸的試劑都是毒性很大的，危險性很大。另外，藥物分析專業就業面也比較廣，而且薪金待遇也不錯。再次就是藥劑學、藥理學、天然藥物化學、中藥化學等。藥劑學近幾年有所降溫，但是，如西藥藥劑等專業對人才還是有很大的需求量。藥理學雖然就業面較窄，但只要涉及研發新藥，不管西藥中藥、外企國企，都需要做藥理實驗。
在選擇職業時，很多人寧可去做藥品銷售，也不愿做駐店執業藥師。面對這種情況，李女士說：“最關鍵的是含金量和收入不成比例。”執業藥師和注冊會計師、執業律師一樣，都由國家統一考試、注冊，而考試通過率僅約20%，而且還要定期接受繼續教育，執業門檻較高，但其在藥店的收入沒有體現其含金量，所以很多執業藥師都放棄藥店，流向了一些工資較高的藥企或醫療服務機構。
目前我國高等院校藥學畢業生雖然很多，但真正的一線崗位還是缺口不小。尤其在新的《藥品管理法》出臺后，藥品的管理越來越規范嚴格，要求銷售處方藥和甲類非處方藥的零售藥店必須配備駐店執業藥師或藥師以上藥學技術人員。但現狀是，我國藥店眾多，而具有執業藥劑師資格的人員僅有約22.6萬人(截至2012年底)。按歐美國家每800人至1500人就配有一名執業藥師的標準計算，我國執業藥師的數量遠遠不能滿足需求。
就業方向
藥學專業畢業生主要分配到制藥廠和醫藥研究所從事各類藥物開發、研究、生產質量保證和合理用藥等方面的工作，也有很多人從事藥品銷售代理。
科研人員——在研究所、藥廠的研究部門，從事藥物的研發工作;
醫院藥劑師——在醫院藥劑科，從事制劑、質檢、臨床藥學等工作;
藥檢人員——在藥檢所從事藥物的質量鑒定和制定相應的質量標準;
公司職員——在醫藥貿易公司或制藥企業從事藥品生產、流通及國內外貿易