改革以來，我國的鐵路、公路、水運和民航等運輸方式均得到較快的發展，而且隨著交通運輸事業市場化程度的不斷提高，各種運輸方式之間的市場競爭也已全面展開。但是，由于多年來運輸市場分屬不同部門管理，缺乏統一的總體規劃和政策指導，各種運輸方式發展很不平衡：公路高速發展，近幾年年投入2000多億元，高速公路已達3萬多公里，位居世界第二;鐵路、水運相對發展緩慢，鐵路客運量十多年來一直徘徊不前，運輸份額持續下降，公路運輸承擔了大量的長距離大宗散貨運輸;銜接不同運輸方式的綜合運輸樞紐建設嚴重滯后，鐵路、公路和水運在同類客貨源上盲目競爭的現象較為普遍。
面對全面建設小康社會的新形勢和貫徹落實科學發展觀的新要求，交通運輸的進一步發展必須走以提升系統協調能力為主的內涵式發展道路。首先，要滿足國民經濟和社會發展總體需要，特別是滿足經濟社會向循環經濟、綠色經濟、生態經濟、知識經濟發展的基本需要;其次，要符合經濟社會可持續發展對交通運輸的總體要求，建立安全、高效、經濟、協調、綠色的交通運輸體系;第三，交通對資源的占用、對環境的破壞及交通傷亡等要控制在國家允許范圍內，實現資源、環境、交通的和諧統一。
根據我國的國土、人口、資源分布和產業布局等特點，綜合評估各種運輸方式造成的土地占用、能源消耗、運輸費用、環境影響、運輸安全等成本效應，未來我國交通運輸應選擇“優先發展鐵路、促進鐵路公路協調發展”的戰略模式，既要擺脫目前對公路運輸過于依賴的發展束縛，也不能因強調鐵路發展而削弱其他運輸方式的發展。其發展思路可概括為三點：通過增加鐵路投資，加快鐵路發展，逐步提高鐵路在運輸市場中的份額并維持在合理水平;確保公路、水運、管道穩步發展，實現航空運輸快速發展;通過增量調整和存量升級，推動各種運輸方式在發展過程中按照比較優勢進行分工與協作，使運輸結構和運輸布局不斷趨于優化。