三本院校，是指在每年的高考錄取時都是分批進行的，重點院校為第一批，第三批錄取的學院就是三本院校，這些院校也稱作獨立學院。從全國范圍看，獨立學院自1999年6月誕生，是指普通本科高校依據相關規定，是為了貫徹落實教育部八號文件精神，按照新的機制和模式舉辦的本科層次的二級學院。獨立學院的產生，主要有以下幾種方式:國辦院校結合企業資本聯合舉辦、民辦大學掛靠改制和國辦大學獨立興建這三種方式。
| 排名 | 學校名稱 | 所在地區 |
| 1 | 華中科技大學武昌分校 | 湖北 |
| 2 | 華中科技大學文華學院 | 湖北 |
| 3 | 吉林大學珠海學院 | 廣東 |
| 4 | 浙江大學城市學院 | 浙江 |
| 5 | 四川大學錦江學院 | 四川 |
| 6 | 云南師范大學商學院 | 云南 |
| 7 | 燕山大學里仁學院 | 河北 |
| 8 | 武漢科技大學城市學院 | 湖北 |
| 9 | 北京師范大學珠海分校 | 廣東 |
| 10 | 河南理工大學萬方科技學院 | 河南 |
| 11 | 浙江大學寧波理工學院 | 浙江 |
| 12 | 西南財經大學天府學院 | 四川 |
| 13 | 南京大學金陵學院 | 江蘇 |
| 14 | 電子科技大學成都學院 | 四川 |
| 15 | 廈門大學嘉庚學院 | 福建 |
| 16 | 四川大學錦城學院 | 四川 |
| 17 | 河北大學工商學院 | 河北 |
| 18 | 電子科技大學中山學院 | 廣東 |
| 19 | 華南理工大學廣州學院 | 廣東 |
| 20 | 中山大學南方學院 | 廣東 |