蛋白質序列的數學描述及其應用提綱
論文摘要: 蛋白質是由20個氨基酸殘基組成的大分子,一個蛋白質序列可以看作是在20個氨基酸的字母表Ω上的字符串,即Ω={A,C,D,E,F,G,H,I,K,L,M,N,P,（略）T,V,W,Y}.因為蛋白質序列中氨（略）在蛋白質折疊為空間結構時起重要作用,進而最終決定它的功能,所以對蛋白質序列進行深層次的分析是一個重要且有意義的工作. 近幾年,一些研究者將DNA序列的圖形表示擴充到蛋白質序列的分析中,提出了蛋白質序列圖形表示.然而DNA序列僅有4個堿基組成,要把DNA序列的圖形表示應用到蛋白質序列上,需要考慮20個氨基酸按照（略）進行排列.目前主要有兩種蛋白質序列的圖形表示,一種是忽（略）中的個體差異,將原來20種氨基酸分為4類或5類,這樣就把蛋白質序列簡化成一個4個或5個字符序列,從而減少可能的排列數.另外一種是忽略所有氨基酸之間的異同,直接根據氨基酸的字典序進行排列. 我們首次提出氨基酸的循環排序概念,即把氨基酸按照某種規律排列成一個首尾相連的環.在本文中基于氨基酸的理化性質分類、PAM250替換矩陣、6（略）y編碼等,我們給出了幾種不同的氨基酸循環排序.利用C...
There are 20 amino acids that make up the standard chemical alphabet used to build p（omitted）hus, a protei（omitted） is a string ov（omitted）habetΩwith the 20 amino acids, thereΩ={A,C,D,E,F,G,H,I,K,L,M,N,P,Q（omitted）,Y }. In molecular biology, the 3D structure of a protein is determined by the in（omitted）quence of amino acids that makes up the protein. So, the analysis of the protein sequences is an important and interesting work in bioinformatics. In recent years, some researchers generali...
目錄:摘要 第4-5頁
Abstract 第5-6頁
第1章 緒論 第9-20頁
·生物信息學的研究背景和問題 第9-10頁
·生物序列圖形表示的研究概況 第10-18頁
·DNA 序列的圖形表示 第11-12頁
·蛋白質序列的圖形表示 第12-18頁
·本文的主要工作 第18-20頁
第2章 蛋白質序列的圖形表示 第20-38頁
·蛋白質序列的2 維圖形表示 第21-30頁
·基于氨基酸理化性質分類的2維圖形表示 第21-29頁
·基于PAM250 矩陣的循環排序 第29-30頁
·蛋白質序列的3 維空間表示 第30-37頁
·基于氨基酸的字典序得到的3維空間表示 第30-32頁
·基于 6 階反射 Gray 編碼得到的 3 維空間表示 第32-37頁
·小結 第37-38頁
第3章 蛋白質序列的數值特征及其相似性分析 第38-49頁
·數值刻畫方法 第38-39頁
·數值刻畫方法以及相似性分析 第39-47頁
·矩陣特征值集 第39-41頁
·一階類中心矩 第41-43頁
·矩陣最大特征值 第43-45頁
·圖形比對 第45-47頁
·小結 第47-49頁
第4章 進化樹的構建 第49-73頁
·構建進化樹的步驟 第49-50頁
·構建進化樹工具 第50頁
·構建進化樹 第50-73頁
·個物種的線粒體 NADH 脫氫酶的進化樹 第51-53頁
·種冠狀病毒 spike 蛋白的進化分析 第53-64頁
·種流感病毒 RNA 聚合酶 PB1 的進化分析 第64-72頁
·小結 第72-73頁
參考文獻 第73-78頁
致謝 第78-79頁
攻讀碩士學位期間的研究成果 第79頁
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